Ученый обнаружил ранние последовательности коронавирусов, которые были таинственным образом удалены из базы данных - «Иностранная пресса»

Карл Циммер | The New York Times

"Около года назад из научной онлайн-базы данных исчезли генетические последовательности более чем 200 образцов вирусов ранних случаев Covid-19 в Ухане. Теперь, прошерстив файлы, хранящихся в Google Cloud, исследователь из Сиэтла восстановил 13 из этих исходных последовательностей - новая интригующая информация, помогающая в деле определения, когда и как вирус мог проникнуть от летучей мыши или другого животного к человеку", - пишет The New York Times.

"Новый анализ, обнародованный во вторник, подтверждает более ранние предположения о том, что еще до первоначальных вспышек, связанных с рынками животных и морепродуктов в декабре 2019 года, в Ухане могли циркулировать различные коронавирусы", - отмечает издание.

" Это исследование не подтверждает и не опровергает гипотезу о том, что патоген просочился из известной уханьской лаборатории. Но оно вызывает вопросы о том, почему были удалены исходные последовательности ", - указывает газета.

" Джесси Блум, вирусолог из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона, который написал новый доклад, назвал удаление этих последовательностей подозрительным. "Кажется вероятным, что последовательности были удалены, чтобы скрыть их существование", - написал он в статье, которая еще не прошла рецензирование и не публиковалась в научном журнале.

"Когда доктор Блум изучал, какие генетические данные были опубликованы различными исследовательскими группами, он наткнулся на исследование за март 2020 года с таблицей, которая включала информацию о 241 генетической последовательности, собранной учеными из Уханьского университета. В таблице указывалось, что ученые загрузили последовательности в онлайн-базу данных под названием Sequence Read Archive, управляемую Национальной медицинской библиотекой правительства США. Но когда в начале этого месяца доктор Блум стал искать последовательности из Уханя в базе данных, единственным результатом было "ничего не найдено". Озадаченный, он вернулся к таблице в поисках дополнительных подсказок. В ней указывалось, что 241 последовательность была собрана ученым по имени Айси Фу в больнице Жэньминь в Ухане. В поисках медицинской литературы доктор Блум в итоге обнаружил еще одно исследование, опубликованное в марте 2020 года доктором Фу и коллегами, в котором описывается новый экспериментальный тест на SARS-CoV-2. Спустя три месяца китайские ученые опубликовали его в научном журнале".

"В этом исследовании ученые писали, что они изучили 45 образцов мазков из носа, взятых "у амбулаторных пациентов с подозрением на Covid-19 в начале эпидемии". Затем они проверили мазки на наличие частей генетического материала SARS-CoV-2. Исследователи не публиковали фактические последовательности генов, которые они извлекли из образцов. Вместо этого они опубликовали только некоторые мутации вирусов, - говорится в статье. - Но ряд признаков указал доктору Блуму, что эти образцы были источником 241 отсутствующей последовательности. В документах не содержалось объяснения того, почему последовательности были загружены в Sequence Read Archive, а затем исчезли оттуда".

"Просматривая архив, доктор Блум выяснил, что многие последовательности хранились в виде файлов в Google Cloud. Каждая последовательность содержалась в файле в облаке, и все имена файлов имели один и тот же базовый формат, сообщил он. Доктор Блум заменил код на отсутствующую последовательность из Уханя. Внезапно он увидел последовательность. Всего таким способом ему удалось восстановить 13 последовательностей из облака. Он объединил 13 последовательностей с другими опубликованными последовательностями ранних коронавирусов, надеясь добиться прогресса в построении семейного древа SARS-CoV-2. Проработка всех этапов эволюции SARS-CoV-2 от вируса летучих мышей была сложной задачей, потому что в распоряжении ученых пока есть ограниченное количество образцов для изучения. Некоторые из самых ранних образцов поступили с оптового рынка морепродуктов "Хуанань" в Ухане, где в декабре 2019 года произошла вспышка", - сообщает газета.

"Однако у этих рыночных вирусов на самом деле есть три дополнительных мутации, которые отсутствуют в образцах SARS-CoV-2, собранных через несколько недель. Другими словами, эти более поздние вирусы больше похожи на коронавирусы, обнаруживаемые у летучих мышей, что подкрепляет идею о том, что существовала некоторая ранняя линия вируса, которая не проходила через рынок морепродуктов", - подчеркивается в статье.

"Доктор Блум обнаружил, что удаленные последовательности, которые он восстановил из облака, также лишены этих дополнительных мутаций. "Они на три ступени больше похожи на коронавирусы летучих мышей, чем вирусы с рыбного рынка "Хуанань", - указал доктор Блум.

По его словам, это говорит о том, что к тому времени, когда SARS-CoV-2 достиг рынка, он уже некоторое время циркулировал в Ухане или за его пределами. Рыночные вирусы, настаивает он, не являются репрезентативными для всего разнообразия коронавирусов, которое уже имелось в конце 2019 года, говорится в статье.

"Неясно, почему вообще пропала эта ценная информация. Ученые могут запросить удаление файлов, отправив электронное письмо руководству Sequence Read Archive. Национальная медицинская библиотека, которая управляет архивом, сообщила, что 13 последовательностей были удалены прошлым летом", - сообщает газета.

"Эти последовательности SARS-CoV-2 были представлены для публикации в SRA в марте 2020 года, а затем был запрос на их удаление со стороны отправившего их исследователя в июне 2020 года", - сказала Ренэйт Майлс, пресс-секретарь Национальных институтов здравоохранения.

"По ее словам, исследователь, имя которого она не назвала, сообщил руководству архива, что последовательности обновляются и будут добавлены в другую базу данных. Но доктор Блум просмотрел все известные ему базы данных и еще не нашел их. "Очевидно, я не могу исключить, что последовательности находятся где-то в какой-то другой базе данных или на веб-странице, но я не смог найти их ни в одном из очевидных мест, которые я изучил", - сказал он.

Трое из соавторов тестового исследования 2020 года не дали немедленного ответа на электронные письма с вопросом о находке доктора Блума. В исследовании не было контактной информации другого соавтора, доктора Фу, имя которого также фигурировало в таблице из другого исследования, отмечает The New York Times.

"Некоторые ученые скептически относятся к идее о том, что за удалением последовательностей скрывается что-то зловещее. "Я действительно не понимаю, как это указывает на сокрытие", - заявляет Стивен Голдштейн, вирусолог из Университета Юты. Доктор Голдштейн отметил, что в статье перечислены отдельные мутации, обнаруженные исследователями из Уханя в их тестах. По его словам, несмотря на то, что в архиве уже нет полных последовательностей, ключевая информация была публичной уже больше года. Ее просто припрятали в формате, который трудно найти исследователям.

"Мы все пропустили эту относительно малоизвестное исследование", - считает доктор Голдштейн.

"Нельзя сказать, почему они были удалены, - признал доктор Блум в интервью. - Можно сказать, что практическим следствием их удаления было то, что люди не заметили, что они существовали". Он также указал, что правительство Китая приказало уничтожить ряд ранних образцов вируса и запретило публикацию статей о коронавирусе без его одобрения", - говорится в статье. (..)