Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Эпсилон... бесконечное появление вариантов Covid-19 - «Иностранная пресса»

Марк Гозлан | Le Monde

"Не проходит и дня, чтобы мы не слышали о варианте Дельта, впервые обнаруженном в Индии. Однако это далеко не единственная вирусная линия, вызывающая беспокойство эпидемиологов, врачей, а также национальных и международных органов здравоохранения", - пишет медицинский журналист Марк Гозлан на страницах Le Monde.

"На сегодняшний день в мире существует около 20 вариантов коронавируса SARS-CoV-2. В частности, 5 вариантов классифицируются как вызывающие озабоченность варианты (VOC, variant of concern, на английском языке), 6 как варианты, представляющий интерес (VOI, variant of interest) и 8 как варианты, находящиеся на стадии оценки (VUM, variant under monitoring). 31 мая 2021 года ВОЗ опубликовала новое предложение по номенклатуре, относящейся к вариантам VОС и VOI из классификации по SARS-CoV-2 и основанной на греческом алфавите (Альфа, Бета, Гамма, Дельта, Эпсилон, Зита, Ита, Тета, Йота, Каппа, Лямбда)", - указывает автор статьи.

"Эти варианты отличаются друг от друга генетическими изменениями, присутствующими в их генетическом материале. Чаще всего речь идет о мутации (замене одного нуклеотида другим (другими словами, замена одной "буквы" на другую), делеции (потере одного или нескольких нуклеотидов), реже о вставке (добавлении одного или нескольких нуклеотидов). В общей сложности на конец апреля 2021 года было зарегистрировано более 6200 модификаций. Они лежат в основе более 45 тыс. различных генетических последовательностей, кодирующих единственный белок-шип. Однако лишь небольшая часть этих генетических модификаций оказывает влияние на биологические свойства вируса", - говорится в статье.

"Эти мутации могут влиять на специфические характеристики вируса, будь то его патогенность (его вирулентность), его инфекционность (его способность инфицировать клетки человека), его трансмиссивность (его заразность между людьми), а также его антигенность (его способность индуцировать выработку антител и/или клеточный иммунный ответ, обеспечиваемый Т-лимфоцитами)", - поясняет автор публикации.

"Лишь в начале апреля 2020 года, через несколько месяцев после начала пандемии Covid-19, начали обнаруживаться мутации, указывающие на эволюцию SARS-CoV-2 в человеческой популяции. На самом деле, после декабря 2019 года скорость эволюции этого коронавируса была постоянной в течение нескольких месяцев, при этом скорость распространения составляет около двух мутаций в месяц", - уточняет Гозлан.

"На сегодняшний день зарегистрировано по меньшей мере 5 106 различных мутаций (замен) в шиповом белке, 161 из которых влияют на распознавание вируса антителами. Из них 21 - самая распространенная, - говорится в статье. - В конце 2020 года - начале 2021 года появилось и распространилось несколько вызывающих обеспокоенность вариантов: английский (Альфа, или B.1.1.7), южноафриканский (Бета, или B.1.351) и бразильский (Гамма, или P.1). Возникновение идентичных мутаций в вариантах, появившихся в разных регионах мира, показывает то, что существует конвергентная эволюция и избирательное преимущество, предоставляемое этими мутациями, которые, как правило, делают вирус более заразным или способным ускользать от иммунной системы".

"Ученых беспокоит другой вариант, названный CAL.20C (принадлежащий к линиям B.1.427 и B.1.429), который впервые был зарегистрирован в 2021 году в Калифорнии. В мае этот "калифорнийский" вариант был обнаружен в нескольких штатах США, а также в 34 других странах", - сообщает издание.

"В статье, опубликованной 1 июля в журнале Science, американские исследователи сообщили новые данные об этом варианте B.1.427/B.1.429, недавно переименованном в Эпсилон. Их исследование показывает, что три мутации, содержащиеся в спайк-белке, снижают нейтрализующую способность антител, индуцированных естественной инфекцией, и антител, вырабатываемых после вакцинации. Исследователи использовали псевдовирусы (вирус, отличный от SARS-CoV-2, но несущий на своей поверхности спайк-белок, содержащий те же мутации, что и вариант Эпсилон)", - говорится далее.

"Оказалось, что по сравнению с классическим циркулирующим штаммом (D614G) вариант Эпсилон в 2,4 раза меньше нейтрализуется антителами, вырабатываемыми после прививки вакциной Moderna, и в 2,3 раза меньше антителами, вырабатываемыми вакциной Pfizer / BioNtech. Таким же образом нейтрализующая способность антител, содержащихся в плазме выздоравливающих пациентов с Covid-19, подвергшихся воздействию вируса в начале 2020 года, в 3,4 раза менее сильна в отношении варианта Эпсилон, чем в отношении эталонного штамма D614G. Такое снижение активности имеет тот же порядок величины, что и наблюдаемое с Бета (в 4,4 раза ниже) и Гамма (в 3,3 раза ниже) вариантами", - отмечает Гозлан.

"Теперь перейдем к варианту Лямбда, представляющему большинство случаев в Перу, стране, занимающей 5-е место по количеству смертей (192 тыс.) после США (более 600 тыс.), Бразилии (более 518 тыс. смертей), Индии (399 тыс.) и Мексики (233 000). Этот вариант, до сих пор обозначенный как C.37, впервые был обнаружен в декабре 2020 года в Лиме (Перу), а затем распространился в Аргентине, Эквадоре, Чили, Бразилии, Колумбии, а также в Мексике, в США, Испании, Германии и США и Израиле", - пишет Le Monde.

"Американское исследование, опубликованное 3 июля на сайте bioRxiv, показывает, что вариант Лямбда, по сравнению с эталонным штаммом D614G, в 3,3 раза меньше нейтрализуется плазмой выздоравливающих пациентов с Covid-19. Точно так же нейтрализующая способность антител, образующихся после введения вакцины Pfizer, оказывается в 3 раза ниже, а у антител, выработанных после вакцинации вакциной Moderna, в 2,3 раза ниже. Подобная частичная устойчивость к вакцинам с вариантом Лямбда обусловлена мутациями L452Q и F490S", - передает автор публикации.

"Аналогичные результаты получила чилийская команда исследователей. В предварительной публикации от 1 июля на сайте bioXriv они указывают, что мутации, присутствующие в спайк-белке варианта Лямбда, придают ему способность ускользать от нейтрализующих антител, образующихся после вакцинации инактивированной китайской вакциной CoronaVac", - продолжает он.

"С 15 июня вариант вариант Лямбда рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес, такая классификация может измениться по мере распространения этого варианта в Южной Америке, где циркулируют сотни различных вирусных линий, а также варианты, вызывающие озабоченность Альфа (британский) и Гамма (бразильский). Вариант Лямбда также прогрессирует в Европе, где он обнаружен в 9 странах, включая Францию", - говорится в статье.

"Новые варианты будут появляться и дальше. Важно понимать фенотипы [биологические характеристики] возникающих вариантов с точки зрения инфекционности, трансмиссивности, вирулентности и антигенности, не менее важно количественно оценить, как индивидуальное воздействие конкретных мутаций, так и их связь с другими мутациями. По мере появления новых вариантов с неожиданными комбинациями мутаций такие знания помогут предсказать фенотип вируса", - подчеркивают Уильям Харви, Дэвид Робертсон и их коллеги из университетов Глазго, Кембриджа и Эдинбурга в длинной статье в июльском номере журнала Nature Reviews Microbiology, посвященной вариантам SARS-CoV-2, мутациям спайк-белка и ускользанию от иммунитета.

"Некоторые команды исследователей решили разработать модели, нацеленные на предсказание эволюционных траекторий возникающих вариантов. Другими словами, речь идет о прогнозировании характера мутаций, которые могут быть вызваны будущими вариантами, на основе данных секвенирования в реальном времени", - комментирует Гозлан.

"Объединение полученных данных и данных из новых последовательностей SARS-CoV-2 может облегчить автоматическое обнаружение потенциально опасных вариантов с низкой частотой встречаемости (то есть до того, как они широко распространятся)", - считают молекулярные вирусологи и эволюционные микробиологи из университетов Глазго, Кембриджа и Эдинбурга. Таким образом, цель будет заключаться в обнаружении появления вирусов, которые, возможно, способны избежать реакции нейтрализующих антител или более передаваемых, с тем, чтобы быстро осуществить целевые меры контроля, направляя при этом дальнейшие исследования в лаборатории. Важной частью этого процесса в конечном итоге будет подготовка обновленных вакцин, подходящих для новых вариантов", - указывает журналист

"Исследователи из компании Vir Biotechnology (Сан-Франциско) совместно с учеными из Массачусетского технологического института (MIT) сообщают, что за определенный период времени частота мутации R346K увеличилась в 7 раз в Швейцарии, в 8 раз в Австрии и 21 раз в Чили. Аналогичным образом они установили, что наибольшее географическое распространение получила мутация P681K, которая увеличилась более чем в 5 раз в 15 странах и более чем в 20 раз в 7 странах. Эта мутация расположена в спайк-белке рядом с сайтом расщепления фурина, который играет важную роль в слиянии вирусной и клеточной мембран. Эта мутация P681K теперь присутствует в 3 вариантах, идентифицированных в Индии, а именно Дельта (B.1.617.2), Kaппа (B.1.617.1) и B.1.617.3. По словам калифорнийских исследователей, они могли бы обнаружить подобное увеличение частоты этой мутации "задолго до нынешней волны", вызванной распространенным в Индии вариантом, вызывающим озабоченность (VОС)", - пишет Le Monde.

"Появление вариантов SARS-CoV-2 позволяет научному сообществу, впервые в истории медицины, почти изо дня в день следить за естественной эволюцией вируса по мере его развития. Теперь это стало возможно благодаря методам геномного секвенирования, которые идентифицируют мутации, потенциально связанные с повышенной трансмиссивностью и/или иммунным ускользанием", - отмечает Гозлан.

В конце июня Управление общественного здравоохранения Англии сообщило, что в семи различных регионах Англии был выявлен 41 случай заражения вариантом Дельта-AY.1. Этот вариант, получивший в индийской прессе название "Дельта плюс", также был обнаружен в 161 геноме в Индии, США, Португалии, Канаде, Японии, Непале, Польше, Швейцарии, России и Турции", - указывает журналист.

"Появление этих вариантов показывает, что случайные мутации могут улучшить способность вируса к репликации и распространению, что вирусологи называют фитнесом вируса. Поэтому возникает вопрос: достиг ли сегодня SARS-CoV-2 максимального уровня фитнеса?" - задумывается автор статьи

"Заслуживает упоминания еще один риск: возможность рекомбинации между разными геномами SARS-CoV-2. Такое явление может произойти у человека, инфицированного разными вариантами. Далее это может привести к производству составных вирусов. Однако способность к генетической рекомбинации является нередкой и хорошо задокументированной характеристикой молекулярной эволюции коронавирусов. Эта возможность зависит от частоты сопутствующих инфекций, которая сама по себе зависит от частоты инфицирования в общей популяции и совместной циркуляции различных вариантов в одном и том же регионе", - поясняет Гозлан.

"Поэтому важно массово и быстро сократить количество заражений SARS-CoV -2 в мире, чтобы максимально ограничить как риск появления новых вариантов, так и перспективу образования гибридных вирусов, возможно более опасных. Это потребует вакцинации и очень широкого распространения вакцин в глобальном масштабе. А значит, важно очень быстро сделать вакцины доступными для всего населения, особенно в Африке и других странах с низкими доходами", - продолжает он.

"Понимая, что мутация предлагает, а отбор располагает, очень важно в контексте неполной вакцинации во Франции, как и в других странах, снизить риск появления вариантов, частично устойчивых к вакцинам, путем добавления барьерных жестов, которые позволяют уменьшить разнообразие вирусов. Вакцинация, безусловно, эффективна и является оплотом, но через этот фильтр может пройти множество мутаций. Поскольку это разнообразие тем больше, чем значительнее количество заражений, на уровне популяции мы можем действовать с помощью другого рычага, который представляет собой частота заболеваний", - подчеркивает Мирча Софонеа, преподаватель эпидемиологии и эволюции инфекционных заболеваний Университета Монпелье.

"Судя по всему, текущая ситуация, характеризующаяся по-прежнему недостаточным охватом вакцинацией в странах, которые ее проводят, способствует появлению вариантов, о которых неизвестно, всегда ли они окажутся чувствительны к существующим вакцинам. По сути, в более или менее ближайшем будущем мы не можем полностью исключить возможность возникновения поствакцинальных инфекций (прорывных инфекций), связанных с вариантами, способными обходить иммунитет при вакцинации. В статье, опубликованной 4 июля 2021 года на сайте medXriv, сообщалось о случаях поствакцинальных инфекций, связанных с вариантом Дельта, у 6 человек, присутствовавших на свадьбе в Хьюстоне, штат Техас, которые были полностью вакцинированы (Pfizer, Moderna, Coxavin )", - указывает журналист.

"Между тем, имеющиеся в настоящее время данные показывают, что риск полного иммунного ускользания после вакцинации намного ниже, чем риск повышенной трансмиссивности. Однако некоторые вирусологи-эволюционисты считают, что устойчивость, по крайней мере частичная, к современным вакцинам неизбежна, и такой прогноз нельзя оставлять без внимания или игнорировать, указывают Роберто Буриони (Университет Вита-Салюте Сан Раффаэле, Милан) и Эрик Тополь (Исследовательский институт Скриппса, Ла-Хойя, Калифорния) в передовой статье от 21 июня в журнале Nature Medicine. "В любом случае, одно можно сказать наверняка: появление вариантов, способных ускользнуть от вакцин, если это произойдет, будет более вероятным в случае, если вирус будет распространяться и размножаться", - добавляют исследователи.

"А значит, важно оставаться начеку, чтобы быть в состоянии обнаружить возможное появление вакциноустойчивых вариантов и, при необходимости, противостоять им путем быстрой разработки вакцин, задуманных с учетом наблюдаемых проблемных мутаций", - считает автор публикации.

"Теперь становится понятно, что крайне важно поддерживать как можно на меньшем уровне количество заражений во всем мире, и не только в богатых, но и в развивающихся странах. История этого вируса быстро научила нас тому, что он не знает границ. В конечном счете, в условиях этой пандемии каждому из нас абсолютно нежелательно выучивать все 24 буквы греческого алфавита", - резюмирует Марк Гозлан.